1. Wyniki przeprowadzonej kontroli kontroler przedstawia w protokole kontroli. Protokół kontroli zawiera w szczególności opis stanu faktycznego stwierdzonego podczas kontroli oraz przypadków naruszenia przepisów ustawy lub wydanych na jej podstawie przepisów wykonawczych.
2. Protokół kontroli sporządza się w dwóch egzemplarzach, z których jeden otrzymuje kierownik kontrolowanego podmiotu zobowiązanego do przekazywania danych do bazy danych SIO.
3. Protokół kontroli podpisują kontroler i kierownik kontrolowanego podmiotu.
4. Kierownik kontrolowanego podmiotu może zgłosić, przed podpisaniem protokołu kontroli, pisemne, umotywowane zastrzeżenia do ustaleń zawartych w protokole.
5. W przypadku zgłoszenia zastrzeżeń kontroler jest obowiązany dokonać ich analizy i w miarę potrzeby przeprowadzić dodatkowe czynności kontrolne. W przypadku stwierdzenia zasadności zgłoszonych zastrzeżeń kontroler zmienia lub uzupełnia protokół kontroli.
6. W przypadku nieuwzględnienia zastrzeżeń w całości lub w części kontroler przekazuje na piśmie swoje stanowisko kierownikowi kontrolowanego podmiotu.